美文网首页数据库数据库生信相关
[NAR|2019] WebSestalt 基因列表的富集分析

[NAR|2019] WebSestalt 基因列表的富集分析

作者: drlee_fc74 | 来源:发表于2019-07-28 19:54 被阅读15次

我们经常在进行差异表达分析之后,对于差异表达的基因,下一步是要对这些基因进行聚类分析的,通过聚类分析来对这些基因进行分组。WebSestalt是对差异表达的结果进行聚类分析的数据库。这个数据库提供了三种聚类分析的方式,富集分析GSEA分析网络分析

image.png

由于三者分析的输入都相似,所以我们使用GSEA分析来演示

输入

数据库的输入主要是来输入差异表达分析后的结果,其他的都是选择适合自己的选项即可。

image.png
  1. 物种选择:数据库支持13种物种的分析
image.png
  1. 选择分析方式:网站支持三种分析方式(富集分析,GSEA分析,网络相互作用分析)
image.png
  1. 选择具体的分析分类
image.png
  1. 输入数据。这里的输入可以指定不同的Gene ID。需要注意的是,数据库在GSEA分析当中还需要输入 fold change的值。别的则不用
image.png

输出

结果会以图片和表格的形式来进行展示,

image.png image.png

代码行

数据库还提供了R包可以让我们使用。具体的R包为 WebGestaltR需要的童鞋去看一下官方文档。

相关文章

网友评论

    本文标题:[NAR|2019] WebSestalt 基因列表的富集分析

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/gggprctx.html